Združenje upravlja najvišji organ organizacije , Skupščina združenja, ki jo sestavljajo vsi člani združenja. Skupščino vodi predsednik združenja do izvolitve delovnega predsedstva, zapisnikarja in dveh overovateljev.

Nadzorni odbor sestavljajo trije člani , ki jih izvoli skupščina za čas enega leta. Skupščina istočasno izvoli tudi dva namestnika nadzornega odbora.

Člani nadzornega odbora:

Mihaela Bizjak , dr. vet. med.
Doc. dr. Ana Nemec , dr. vet. med.,
dipl. AVDC, dipl. EVDC.,
spec. med. psov in mačk
Marko Novak , dr. vet. med.
Mag. Stanislav Bernik , dr. vet. med.
Saša Hrušovar Podpečan , dr. vet. med.

Izvršilni organ Slovenskega združenja veterinarjev za male živali je sedemčlanski Upravni odbor , ki opravlja s statutom določene naloge in zadeve, za katere ga pooblasti Skupščina SZVMŽ.